Son oeuvre est riche d’un demi-siècle de peinture ; elle aborde des thèmes à travers lesquels le peintre décline les variations d’une invention graphique exceptionnelle. Après les oeuvres de jeunesse d’inspirations diverses, Jean Cortot crée des variations sur le chantier naval de la Ciotat (1947-1950), les paysages de l’ArdècheNatures mortes (1955-1956), des variations sur La table du peintre, la Série des Villes (1957-1958), la Série d’Antiques (1962), la Série des Combat, d’où découle celle des Ecritures (1967) qui se poursuit pendant une longue période. A partir de 1974, les écritures se font lisibles ; c’est la Série des Tableaux-poèmes et des Poèmes épars.

La curiosité de cet artiste l’amène à faire des incursions dans d’autres domaines que la peinture, et à dépasser certaines frontières entre les arts.
De 1951 à 1956, huit tapisseries sont tissées à Aubusson sur ses cartons, en 1988 deux tapis. Il exécute quelques travaux graphiques, notamment des télécartes et tableaux-téléphones, affiches, etc. Le-temps-est-un-espace---Encre-et-dessin---30x30cm